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De tels bassins (pools) peuvent atteindre une grande profondeur, ils sont créés par la présence de bois mort dans le cours d'eau. De telles zones profondes sont des refuges importants pour les populations piscicoles, en particulier en saison estivale où le niveau du cours d'eau est bas (Carlson et al. 1990, Gurnell et al. 1995). En outre, ces bassins constituent un refuge vis à vis des prédateurs (le héron cendré par exemple). En période de crue, le courant y est moins fort et les populations piscicoles viennent s'y réfugier en grand nombre (Maser & Sedell 1994). Certaines études ont également montré que la présence de bassins plus profonds semble être un facteur limitatif de l'importance d'une population piscicole. Plus exactement, on peut dire que, en fonction de la profondeur du cours d'eau dans une zone donnée, on trouvera un peuplement piscicole relativement homogène en ce qui concerne les espèces présentes et l'âge des individus (Fausch & Northcote 1991, Bilby & Ward 1989). La présence de bois mort dans un cours d'eau entraîne également la formation de structures morphologiques ou d'effets importants pour l'écologie du cours d'eau: il s'agit de la formation de bassins de retenue où les eaux sont dormantes, ainsi que du développement latéral du cours d'eau par érosion des berges.
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Les études récentes menées par Friberg et al. (2002) au Danemark permettent d'obtenir des résultats semblables. En comparaison avec les ruisseaux situés au milieu de hêtraies, les ruisseaux situés au milieu de plantations d'épicéas, les biomasses d'insectes de type broyeurs sont inférieures d'environ 4/5e. Ce phénomène trouve son explication dans des facteurs tels que la température de l'eau, les éléments chimiques dissous et la diversité des sources de nourriture. Les auteurs de publications insistent particulièrement sur les conséquences sur la production secondaire. Les insectes broyeurs jouent un rôle important par la préparation de la décomposition des résidus végétaux de grandes dimensions et leur transformation en détritus (matériau organique à particules fines). Il s'agit là en particulier des feuilles issues de peuplements sylvicoles proches des cours d'eau. Par leur action de broyage, ces insectes transforment les matériaux à grosses particules au profit des espèces détritivores ou suspensivores (Schwoerbel 1999).
En ce qui concerne les espèces d'insectes très mobiles, comme par exemple les libellules, ces effets de barrière sont moins importants. L'abaissement de l'âge d'un peuplement sylvicole par son exploitation avant qu'il ait atteint sa maturité naturelle entraîne un manque de bois mort, ce qui a des conséquences non seulement sur les biotopes terrestres mais aussi sur les biotopes aquatiques. La fonction du bois mort est très importante dans un cours d'eau: pour la structure du cours d'eau, l'évolution du courant, l'hydraulique, l'hydrologie, ainsi que la flore et la faune (il est tout à la fois biotope et source de nourriture – GFG & WBW 2001). Nous nous proposons ici de décrire le rôle du bois mort pour la structure des cours d'eau et plus particulièrement sa fonction de créateur de bassins plus profonds (pools). Que ce soit dans les cours d'eau de montagne ou dans les rivières de plus grand débit, le fond du cours d'eau est typiquement constitué d'une alternance de passages de faible profondeur (riffles) et de passages plus profonds (pools).
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Fragmentation de la forêt par la construction de voie d'accès et de surfaces de débardage: l'objet du présent paragraphe est de décrire les conséquences des travaux de construction de voies de communication. La fragmentation d'une forêt par la coupe rase de parcelles d'une superficie inférieure à 1 ha n'est pas considérée comme un obstacle au bon développement du biotope que constitue le cours d'eau (avant de procéder à une coupe rase > 1, 0 ha, l'article 15 de la Loi Forestière de Bade-Wurtemberg exige de l'exploitant qu'il fasse une demande auprès des autorités forestières compétentes).
La migration des espèces animales par la voie des airs le long des cours d'eau, on pense ici en particulier aux insectes qui remontent le cours d'eau, est influencée par la composition et la structure des peuplements sylvicoles sur les berges de ces mêmes cours d'eau. Pour diverses espèces d'insectes qui effectuent des vols de compensation vers l'amont du cours d'eau, les travaux de Hering et al. (1999) ont permis de démontrer que des peuplements denses et homogènes d'épicéas de 25 à 40 ans constituaient un handicap à la prolifération. On considère que cet effet de barrière est dû à divers éléments: des peuplements denses de résineux constituent un écran à la vision, la température qui y règne est inférieure à celle de peuplements de feuillus: ils peuvent donc constituer une barrière climatique. En outre, un peuplement dense peut représenter un obstacle au passage du vent qui, le soir souffle en direction de la vallée et sert aux insectes de repère à l'orientation. Ces fonctions d'obstacle influencent principalement les espèces d'insecte qui ont un rayon d'action réduit et qui sont étroitement liés aux cours d'eau, comme par exemple les éphéméroptères ou certaines espèces de trichoptères.
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