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Wednesday, 7 August 2024
Quelqu'un sait-il comment faire ceci? En vous remerciant de votre attention Matthieu FARON Aline Deschamps Messages: 133 Enregistré le: 11 Mai 2010, 07:49 Contact: Message par Aline Deschamps » 21 Fév 2011, 15:38 Peut-être qu'un code réproductible et minimal serait le bienvenu ici. En effet, en ce qui me concerne je ne vois pas bien à quel moment vous faîtes appel au lapply (la commande paste est-elle incluse dans la fonction utilisée dans le lapply? ). Lapply sous r la publication. Cordialement, A. D. Message par matthieu faron » 21 Fév 2011, 15:49 Merci de votre réponse. Voici le code en question: Code: Tout sélectionner #la fonction uni1 <- function(var) { survie <- survfit(Surv(delaios, status) ~ var, data=don) lr <- survdiff(Surv(delaios, status) ~ var, data=don) test <- round(pchisq(lr$chisq, df = (dim(lr$n)-1), ), 5) out <- list("Survie"=survie, "Log Rank"=test) if (test<0. 05) { survplot(survie) titre <- paste("Overall Survival:", substitute(var)) print(titre) text(titre[3], xpd=T, x=12, y=1. 1, font=2)} return(out)} # l'appel à lapply lapply(listuni1, FUN=uni1) # la liste (enfin le debut) listuni1 <- list("Site du primitif" = don$primsite, "Loc double" = don$pdouble,... ) En vous remerciant à nouveau pour votre attention Logez Maxime Messages: 3061 Enregistré le: 26 Sep 2006, 11:35 Message par Logez Maxime » 21 Fév 2011, 16:06 enlève le substitute et ça devrait fonctionner.

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R n'aime pas les boucles: c'est long, parfois ca surtout c'est long:). Une des fonctions qu'il faut absolument maîtriser est apply. Elle permet de réaliser en parallèle la même opération sur toutes les lignes/ toutes les colonnes d'une matrice ou d 'un jeu de données. Pour utiliser apply, il faut créer une fonction qui prend en paramètre un vecteur et qui nous ressort une transformation de ce vecteur. que ce vecteur soit de la forme qu'une ligne ou qu'une colonne de notre jeu de données (prendre en compte les variables quali, l'ordre des variables.. ) lancer apply sur son jeu de données, en précisant la fonction et s'il faut le prendre en ligne ou en colonne. Titre d'un graphique appelé par fonction et lapply - Groupe des utilisateurs du logiciel R. data(iris) # on va fabriquer une fonction qui, pour chaque ligne, nous donnera la somme de,, et masomme<-function(monvec){ # les vecteurs sont ici de la forme c(5. 1, 3. 5, 1. 4, 0. 2, setosa). Un simple sum(monec) ne fonctionnerait pas à cause de setosa return(sum(meric(monvec[1:4])))# le meric permet de passer outre la transformation en caractères} lasomme<-apply((iris), FUN=masomme, MARGIN=1) head(cbind(iris, lasomme))# on rajoute une colonne avec le résultat et on regarde le début du jeu de données Cette transformation restera très rapide même avec un très grand nombre de lignes 2011-12-23

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936 ## iris$Species: virginica ## [1] 6. 588 On peut aussi employer cette syntaxe: with(iris, tapply(, Species, mean)) ## 5. 588 Et comme précédemment, si la fonction employée nécessite des arguments supplémentaires, on les ajoute après la virgule: res <- with(iris, tapply(, Species, quantile, probs=c(0. 75))) ## $setosa ## 4. 8 5. 2 ## $versicolor ## 5. 6 6. 3 ## $virginica ## 6. Lapply sous réserve. 225 6. 900 ## [1] "array" La fonction apply permet d'appliquer une fonction sur toutes les lignes ou toutes les colonnes d'un data frame (ou une matrice). Si on souhaite appliquer la fonction sur les lignes, on va spécifier l'argument MARGIN=1 (en pratique, on utilise que le 1 en second argument de la fonction). De la même manière, si on souhaite appliquer la fonction sur les colonnes, on va spécifier l'argument MARGIN=2 (là encore, en pratique, on utilise que le 2 en second argument de la fonction) Par exemple ici, si on souhaite faire la moyenne des 4 premières variables du jeu de données iris, sur les 10 premières lignes: res <- apply(iris[1:10, 1:4], 1, mean, ) ## 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ## 2.

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Ce tutoriel a pour but de présenter la collection de fonctions apply(). La fonction apply() est la plus basique de toutes les collections. Nous apprendrons également sapply(), lapply() et tapply(). La collection apply peut être considérée comme un substitut de la boucle. La collection apply() est regroupée avec le paquet r essential si vous installez R avec Anaconda. La fonction apply() peut être alimentée avec de nombreuses fonctions pour effectuer une application redondante sur une collection d'objet (cadre de données, liste, vecteur, etc. Lapply sous romilly. ). Le but de apply() est principalement d'éviter l'utilisation explicite de constructions en boucle. Elles peuvent être utilisées pour une liste, une matrice ou un tableau en entrée et appliquer une fonction. N'importe quelle fonction peut être passée dans apply(). Dans ce tutoriel, vous apprendrez la fonction apply() la fonction lapply() la fonction sapply() La fonction Slice vector. fonction tapply() fonction apply() apply() prend en entrée un cadre de données ou une matrice et donne en sortie un vecteur, liste ou tableau.

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Aymeric Inpong" Bonjour Claire, Je profite régulièrement de vos articles pour améliorer ma programmation en R (plutôt artisanale) d'analyses multivariées. J'utilise des boucles, doubles ou triples, ce qui entraîne de long calculs.

La fonction apply() permet d'appliquer une fonction (par exemple une moyenne, une somme) à chaque ligne ou chaque colonne d'un tableau de données. Cette fonction prend 3 arguments dans l'ordre suivant: nom du tableau de données un nombre pour dire si la fonction doit s'appliquer aux lignes (1), aux colonnes (2) ou aux deux (c(1, 2)) le nom de la fonction à appliquer Voici un exemple. L'objectif est de calculer la somme de chaque ligne ou de chaque colonne d'un tableau: # On crée d'abord une matrice avec 2 lignes et 3 colonnes data<-matrix(c(1, 2, 3, 4, 5, 6), nrow=2) # On donne un nom aux lignes et aux colonnes colnames(data)=c("C1", "C2", "C3") rownames(data)=c("L1", "L2") # On utilise la fonction apply() pour faire la somme de chaque ligne apply(data, 1, sum) # Pour faire la somme de chaque colonne, on remplace 1 par 2 apply(data, 2, sum)

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